Depuis tous temps, nous cotoyons des microorganismes. En temps ordinaire, cette cohabitation ne pose que peu de problèmes, mais que leur population devienne trop importante, ou qu’une espèce particulière s’installe, et des désagréments peuvent apparaître, pouvant entraîner des maladies. Pour que la lutte contre la biocontamination soit efficace, une bonne hygiène est nécessaire, sans cela la désinfection est inutile, les souillures empêchant le produit d'entrer en contact avec les surfaces. Toutefois, même le nettoyage le plus efficace ne fait qu’enlever les principales souillures, il reste donc des souillures microscopiques et des microbes.

Dans la plupart des cas il s’agit de bactéries ou de champignons. La plupart sont inoffensifs, mais certaines espèces ont des effets néfastes. Certaines bactéries produisent des toxines, qui se propagent dans l’air et qui peuvent alors être inhalées, d’autres prolifèrent sur la peau ou dans certaines parties de l’organisme. Elles peuvent provoquer des maladies graves, comme les infections par le staphylocoque doré (Staphylococcus aureus), ou la légionellose (Legionella). Les champignons peuvent provoquer des irritations cutanées, des mycoses, ou des troubles respiratoires tels qu’éternuements, toux, ou difficultés à respirer, voire déclencher des crises d’asthme. Les infections à champignons peuvent être graves, notamment dans le cas des Aspergillus ou des Candida.

Les micro-organismes sont partout, mais certains facteurs peuvent déclencher une augmentation de la population, ou l’installation de certaines espèces. La plupart des microorganismes pathogènes qui s’installent dans les logements proviennent de l’extérieur (lieu de travail, transports en commun, rue, ...) et sont apportés dans le logement par l’occupant. Les recoins et cachettes préférés des animaux domestiques peuvent contenir des restes de squames, d’urine ou de déjections, rassemblant ainsi des conditions propices au développement des microorganismes. Les micro-organismes affectionnent tout particulièrement les lieux humides tels que les plâtres des vieux murs dégradés, les colonnes d'adduction d’air et d’eau (surtout en présence de fuites), et les pièces humides ou servant au séchage du linge (WC, salles de bains, ...).